下列哪一座寺院位于南京市？

答案解析：南京市是中国历史文化名城，拥有众多著名的佛教寺院。在给出的选项中，栖霞寺是位于南京市的一座著名寺院。栖霞寺坐落在南京市栖霞区栖霞山上，始建于南朝齐永明二年（484年），是中国佛教四大名刹之一，历史悠久，文化底蕴深厚。其他可能出现的选项如：灵谷寺：也位于南京市，但在题目中如果只选一个，栖霞寺更为著名。鸡鸣寺：同样位于南京市，但栖霞寺的历史和文化地位更为突出。其他城市的著名寺院，如杭州的灵隐寺、北京的雍和宫等，则不位于南京市。正确答案是栖霞寺。