教育部下设的英语四六级考试委员会分别位于清华、上海交大和哪所大学？

答案解析：题目中询问的是教育部下设的英语四六级考试委员会分别位于清华、上海交大和哪所大学。根据已知信息，英语四六级考试委员会的主要办公地点分别设立在清华大学、上海交通大学和武汉大学。正确答案是B.武汉大学。选项A的南京大学并不是英语四六级考试委员会的设立地点，所以不是正确答案。答案为B。