哪部电影以13项提名领跑第90届奥斯卡奖？

答案解析：正确答案是A. 《水形物语》。《水形物语》在第90届奥斯卡奖中获得了13项提名，领跑该届奥斯卡奖。这部电影最终也获得了包括最佳影片在内的多个奖项。而《至暗时刻》虽然也是一部优秀的电影，并且在奥斯卡奖上获得了多项提名，但并没有像《水形物语》那样以13项提名领跑。